Возможно ли на одной заготовке разместить разные печатные платы? (Имею ввиду не прототип, а серийный заказ) Как это повлияет на стоимость обработки заказа?

Да, возможно. Это называется комплект. Стоимость такого заказа увеличивается на 30%. При подготовке производства считается обработка каждого типа печатных плат в комплекте. При повторах заказывать можно только комплектами (заготовками). Если нужна будет только одна печатная плата из комплекта, что она будет считаться как прототип с соответствующей стоимостью подготовки производства.